Código PHP:
function marcadas(){
var marcadas = 0;
chks=document.getElementsByTagName('input');
for(i=0;i<chks.length;i++)
{
if(chks[i].checked){
// si estan seleccionados
}else{
//sino estan seleccionados
}
}
}
Código PHP:
chks[i].value; //para ver el valor de cada option...
con esta función recoges todos los input que tengas, y asi realizas alguna acción dependiendo si estan o no chekeados o lo que estimes conveniente para tu caso.