Cita: ¿que pudo haber pasado???
Dos cosas:
1.- Borraste sin querer los archivos
2.- Te borraron los archivos, quizás si obtuvieron tu login de FTP, pero como también manifiestas que te faltan tablas en tu base de datos, suena a que te tomaron toda la cuenta.
Te sugiero levantar algún backup del sitio que tengas previo al incidente, si tu no tienes backups, tal vez el servidor esté generándolos, pregunta a tu soporte técnico.
La otra posibilidad es que reinstales la tienda OsCommerce desde cero.
Saludos,