Primero deberías determinar si el problema es en la parte javascript o en la parte servidor.
Yo pondría un simple alert antes de abrir la nueva ventana:
Código:
...
function mostrar(url1)
{
alert( "url1='" + url1 + "'" );
window.open("pres_cronograma.php?val=" + url1,"Cronograma","");
}
...