Teniendo en cuenta que vas a encarar la seguridad por ti mismo, te recomiendo leer
http://eth0.us, y how tos de
http://webhostingtalk.com, hay muchos manuales muy completos. Ve estudiando el sistema, pues como dije antes, si sigues manuales y no sabes lo que haces, seguro en alguna de esas "metes la pata".
Saludos,