Lo haces con el crontab, cada usuario tiene uno, ejecutarlo antra al shell del usuario que quieras asignarle el cron y hacé
crontab -e
Y ahí adentro debes escribir algo como esto ( no lo recuerdo de memoria, hacé man crontab para aprenderlo bien)
* * * * * /direccion/de/miscript.pl
Los asteriscos significan que se ejecute siempre y las columnas van signfificando creo que minutos - horas - dias - mes - dia semana...
Espero que te sirva
Saludos
PD:
http://www.hmug.org/man/5/crontab.php