a ver generalmente esta etiquetas
Cita: <SCRIPT language=JavaScript src="cssemejava/javaeme1.js"></script>
deves declararlas en el head, no siempre pero esa es una norma para que adquiera los valores..
Cita: <SCRIPT language=JavaScript>
function cogerDato(celda)
{
destino = document.getElementById("instancia");
destino.value = celda.innerHTML;
}
</script>
en el archivo no es necesario que le indiques <script language....., sólo declara las funciones, no lo envuelvas en etiquetas script, puede que eso provoque el error.
Para ver errores en java, te recomiendo que uses firefox, para verificar problemas, o busca otro navegador que te permita especificar mas cieratmente donde tengsa los errores, recuerda se que hay variaciones entre IE y otros navegadores.