FLAC al igual que APE , son archivos de audios comprimidos pero sin pérdidas.
CUE es un archivo de texto que da información a las quemadoras para que separe los tracks de audio, por lo que estos archivos vienen juntos con un solo archigo "gigante" que puede ser FLAC, MP3, APE, WAV, etc, si quieres separar los tracks sin tener que quemarlos en un CD, puedes usar el programa gratuito "cue splitter"
http://www.shareup.com/CUE_Splitter-download-30218.html
Referente al archivo log, no se que significará.