no entendi mucho el enredo, pero tienes las siguentes alternativas
desde el mimo php colocale el id, primero haces una sql que te muestre el max() y le sumas uno.
lo otro desde el mismo phpmyadmin creas tu tabla asi:
Código:
CREATE TABLE `MI_TABLA` (
`id` int(11) NOT NULL auto_increment,
PRIMARY KEY (`id`)
) ENGINE=MyISAM AUTO_INCREMENT=125 DEFAULT CHARSET=latin1