Me imagino que estas desarrollando una aplicacion con VS2008, por la versión del framework.
No se como sera en VS2008, pero en VS2005 le podriamos decir que descargue los pre-requisitos desde una pagina web, no se si este caso te sea util para distribuir tu aplicacion, porque si el usuario no tiene Internet o tiene Internet conmutada, seria una tarea de mucho tiempo.
Y no sera que se le puede decir que solo incluya el Framework 3.5 sin que incluya las versiones anteriores?.
Por otro lado incluyendo solo el framework 3.5 igual va a pesar mas de 4 MB, solo el framework supera las 20 megas.
Si quieres que pese poco no debes incluir los pre-requisitos en el instalador.
Saludos
