Manejar con php una base de datos grandisima

[gnzsoloyo]

Así como se ve, las tablas en cuestión tiene una enorme falta de normalización.
La primera, Usuarios, puede partirse en al menos cinco tablas mejorando la eficiencia del modelo y de las consultas. La segunda, de seguro puede dividirse por lo menos en tres.
Mi sugerencia es que profundices en el modelo E-R y Estudies más profundamente el tema normalización.