Cita:
Iniciado por geq 
Por qué no usás directamente un campo auto-increment?
Es un atributo del campo, puedes asignarlo desde el phpMyAdmin. El campo debe ser clave única también.
Luego en el insert simplemente lo dejas en blanco (solo unas comillas '' )
Y todo ese código se resume en:
Código PHP:
$sql2 = "INSERT INTO $table_name3 (IdPatrocinador,claveAfiliado,Orden) VALUES
('','$claveAfiliado','$cont')";
$result2 = mysql_query($sql2,$connection) or die("Couldn't execute query: $sql, error: " . mysql_error());
Éxitos.
Lo que sucede que autoincrement esta asignado al Idarbol que corresponde a la tabla , el incremento se dara solo para algunos casos no para todos dependiendo la clave.
Que otra opcion suguieres