$ext=basename('test.jpg','.jpg');
$ext.='.pdf; // bien!
y si... tu PHP esta algo-bien...
seria asi..
<?php
if ($row_consulta['pdf']=='si') {
echo "<a href=\"{$row_consulta['nombre_archivo']}\">ver PDF</a>";
}
?>
recuerda ke al evaluar arreglos, con comillas dobles... debes encerrarlas en {} ((llaves)) para asi no generar errores indeseados... deveras!