Código PHP:
function marcar(){
var marcadas = 0;
chks=document.getElementsByTagName('input');
for(i=0;i<chks.length;i++){
if(chks[i].checked){
marcadas = marcadas + 1
}
}
if (marcadas==0){
alert("debes marcar una minimo");
}
}
Ahora bien si quieres comprobar sin importar el nombre de tus inputs.....