Buenas Raquel
Yo creo que puedes hacer 2 cosas:
1: un formulario en el que el usuario elija el archivo y lo suba al servidor y lo procese.
2: que el usuario acceda por red local (SMB o NFS) a un recurso compartido del servidor y "eche" el archivo ahí y desde la aplicacion web los recupere y procese.
El punto 1 tiene el inconveniente de que si el archivo es muy grande (>2MB) es propenso a fallar.
El punto 2 tiene el problema con los usuarios remotos que no estén en la misma red del servidor, que o acceden a la red mediante VPN o suben el archivo via FTP
Ejemplo del codigo del formulario
Código HTML:
<form action="upload.php" method="post" enctype="multipart/form-data">
<label for="archivillo">Archivo:</label>
<input type="file" id="archivillo" name="informe"><br>
<input type="submit">
</form>