Código PHP:
$query = "insert into mi_tabla_auxiliar select distinct * from estados";
$result = mysql_query ($query);
$query = "truncate table estados";
$result = mysql_query ($query);
$query = "insert into estados select * from mi_tabla_auxiliar ";
$result = mysql_query ($query);
$query = "truncate table mi_tabla_auxiliar ;
$result = mysql_query ($query);
Debes tener en cuenta que si la tabla de estados trabaja con algun tipo de primary key, debes especificar los campos en el INSERT.
Espero que te sirva