Yo en una PC que tengo con 2 discos rígidos hice esto...Enchufé uno de los discos sata, le instalé windows...Luego lo desenchufé y enchufé el otro con linux...así que los dos OS quedan sin saber la existencia del otro, son como 2 discos rígidos totalmente independientes...
Luego para botear por uno o por otro lo selecciono desde el SETUP
En otra PC que tiene un solo Disco le metí windows y luego al instalar SUSE lo reconoce al windows y te achica la partición del mismo (yo tení una sola partición) y te deja el windows y linux sin problemas...al bootear te aparece una pantalla (GRUB) que te pregunta si querés arrancar con linux o windows...
Es todo muy automático en SUSE...Supongo que en UBUNTU será igual...
Espero que te sirva
Saludos
PD: Yo te recomiendo la primera opción, tenés los 2 OS independientes...