Problema de seguridad quien me ayuda?

[..::MaRcOs::..]

Pues no se si todavia es un problema pero un amigo me mostro q con un programa
se puede descargar la estructura de mis archivos de la pagina no en html
si no lo reales php... como si fuese bajandolos por ftp, no me dijo el nombre
del programa pero me gustaria saber q metodos de proteccion
puedo usar para q esto no siga pasando, por q creo q pueden ver
la conexion a la bd y la pueden eliminar y hay si q me doleria la cabeza.....