Primero hay que tener claro que uno trabaja en el cliente (javascript) y el otro en el servidor (php) por tanto si quieres pasar un dato a php lo tendras que hacer haciendo una peticion al servidor, es decir cargando un nuevo fichero o recargando el actual y pasar el dato por el metodo get por ejemplo
Código:
document.location.href='nombrefichero.php?nombrevariable=valor&nombreotrovar=valor';
En el fichero php debes recoger las variables con $_GET["nombrevariable"]. El fichero php puede ser el mismo donde estes.
Puedes simular que no estas recargando la pagina utilizando tecnicas AJAX. Si lo que dominas es php
Xajax: Ajax para PHP te puede ayudar (
tutorial en castellano o el
subforo AJAX en esta casa).
Quim