Lo que podés hacer es crearte una subcadena de las cadenas a comparar y luego las comparás con el compareTo().
Sería algo así:
Código:
// Las variables cadena1 y cadena2 son las cadenas a comparar.
String subCadena1 = cadena1.subString(0, 8);
String subCadena2 = cadena2.subString(0, 8);
if(subCadena1.compareTo(subCadena2)==0){
// Las 2 subcadenas son iguales.
}
Para imprimirlas por pares, podés crearte arrays de String o algo por el estilo, se creativo...