Porque te falto modificar el bucle para meter los valores en arrays:
Código PHP:
<?php
$i=0;
while ($i<25)
{
$numero1[] = rand(1000000000,99999999999999);
$numero2[] = rand(1000000000,99999999999999);
$numero3[] = rand(10000,999999999);
echo "El numero es:", $numero1[$i],"--", $numero2[$i],"--", $numero3[$i],"<br>";
$i++;
}
?>