Buenas
Dado que se trata de lenguajes diferentes y de hecho lo que haces es generar código en JS desde PHP no puedes pasar una variable de tipo array de uno a otro así sin más. De hecho en PHP si haces 
 Código PHP:
    <?php
$variable = array(0=>"valor", 1=>"valor");
echo $variable;
?>    
  Lo que te dará por pantalla será "array", y esto es lo que te devuelve. 
Yo lo que veo es que tendrás que pasar cada valor del array como un parámetro 
 Código PHP:
    <?php
$variable = array(0=>"valor", 1=>"valor");
$cadena = '';
for ($i=0; $i<count($variable; $i++) $cadena .= "'".$variable[$i]."',";
$cadena = substr($cadena, 0, strlen($cadena)-1)); // Esto es para quitar la ultima ,  añadida
echo "<script type=\"text/javascript\">\n"; 
echo "xajax_mostrar('{$num}', '{$cont}', {$cadena});\n";
echo "</script>\n";
?>    
  Al no tratarse de arrays podemos prescindir de meter las variables entre {}, pero la fuerza de la costumbre...
También podemos prescindir de meter las variables entre comillas simples si se trata de valores numéricos.