Hola,
A mi me ha pasado pero ahora no recuerdo bien bien como lo solucioné. Yo lo que haría sería guardar TODOS los documentos con codificación UTF8. Creo que por defecto es ANSI.
Otra cosa que puedes hacer es poner, si no lo has hecho ya, la metaetiqueta:
Código PHP:
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
Sinó puedes hacer lo siguiente, donde vaya un caracter especial pones su equivalente en unicode:
\u00e1 -> á
\u00e9 -> é
\u00ed -> í
\u00f3 -> ó
\u00fa -> ú
\u00c1 -> Á
\u00c9 -> É
\u00cd -> Í
\u00d3 -> Ó
\u00da -> Ú
\u00f1 -> ñ
\u00d1 -> Ñ
No soy un crack del JS, así que a lo mejor me he colado en algo. Así que si es el caso lo siento...