¿Has actualizado tu sistema? Creo recordar que había un bug en el plug-in Flash que afectaba el rendimiento del equipo; al parecer se slolucionó en alguna de las últimas actualizaciones, ya que no he tenido problemas al respecto en mi Fedora 8 (aunque es verdad que Flash tiene a comer recursos como loco cuando estás viendo 2 ó 3 videos de Youtube al mismo tiempo).
Si no has actualizado, un simple
yum update debería solucionar el problema, siempre y cuando tengas correctamente configurados tus repositorios de yum (yo uso la configuración descrita en
la FAQ no oficial de Fedora).