Websites internas... ¿Cómo?

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Esta respuesta depende totalmente de el ambiente en el que estes trabajando, por ejemplo por lo que mencionas parece ser un servidor Windows Server.

Ahora, aparte de esto depende de que servidor desees usar, ISS Apache.

Primero lo primero, debes arreglar los DNS para que tus clientes puedan accesar a tu server por nombre, si estas utilizando active directory esto esta activado por default solo necesitas instalar apache o ISS y tus clientes podran acceder de la siguiente manera servidor.GrupodeTrabajo.

Si usas Linux, sera necesario agregar el servicio de DNS ya sea por BIND, MyDNS, dnscache o el que tu prefieras (MyDNS depende de MySQL) otra manera mas tediosa es agregar todos los sitios a tu host file o emular un PDC en la maquina Linux por medio de SAMBA (LDAP opcional).

En fin, la clave ya teniendo tu servidor web favorito, es la siguiente en IIS solo debes activar los shares y los permisos de Active Directory haran el resto, en el caso de Apache deberas crear Aliases para cada folder compartido y por medio del markup <Directory> agregar permisos:

Alias Contabilidad /usr/local/share/contabilidad
<Directory /usr/local/share/contabilidad>
.. Permisos
..
</Directory>

Con esto hecho tus clientes podran entrar a tu sitio por medio de http://Servidor.GrupoDeTrabajo/Contabilidad por ejemplo, si quieres mostrar los archivos solo en permisos utiliza:

Option Indexes

Esto mostrara los archivos en la pagina si no tienes aun un index.php.

Recuerda no tienes necesariamente que usar Linux o BSD u Otro *nix para utilizar Apache.

Bueno cualquier duda quedo a tus ordenes.