No se si nos estamos confundiendo con los términos que estamos usando para comunicarnos, porque dices:
Cita: sí que tenía los z-index asignados a ambos elementos
Los Z-index se asignan a las capas no a los elementos
y luego despues dices:
Cita: en realidad esa capa, llamada #flashYForm, engloba al flash y al pequeño formulario justo de debajo
Si me dices que tienes ambos elementos en la misma capa #flashYForm es imposible que puedas asignarles Z-index diferentes.
Te repito, por lo que yo se, es indiferente si la capa es absoluta o relativa en cuanto a su posición, pues este atributo se refiere a su posición con respecto al resto de elementos y el Z-index se refiere al orden en que se verá cada una de ellas.
Imagina que las capas son hojas de papel sobre una mesa, la posición Z-index es la que dice en que orden las vas colocando una encima de otra, así las ultimas serán mas visibles pues estarán mas arriba. Con respecto a si su posición es absoluta o relativa es si la forma en que las distribuyes sobre la mesa,(mas a la izquierda, o a la derecha, etc) es absoluta (como sujeta con chinchetas) o relativa (depende de como muevas las otras hojas, el tamaño de la mesa etc)
Por decirlo de otra manera mas rápida,una se refiere a la posición vertical y otra a la disposición horizontal.
un abrazo