Una forma podria ser esta
   Código PHP:
   
<!-- tabla de resultados -->
<td>
<input type="checkbox" id="marcap" name="marcax" value="Si" onclick="chequear(this,<?php echo $registro["COD_PARTICIPANTE"]; ?>)">
</td>
<td  id="cod_participante">
   <font size="1" face="Verdana" color="#FFFFCC">
              <?php echo $registro["COD_PARTICIPANTE"]; ?>
    </font>
</td>
</tr>
<!-- fin tabla resultados -->
 
function chequear(obj, codigo)
{
if (obj.checked==true)
{ 
alert("Check Activado del codigo "+ codigo);
}
else
{
alert("Check Desactivado del codigo "+ codigo);
}
}   
  Otra  
 Código PHP:
   
<!-- tabla de resultados -->
<td>
<input type="checkbox" id="marcap" name="marcax" value="<?php echo $registro["COD_PARTICIPANTE"]; ?>" onclick="chequear(this)" >
</td>
 <td  id="cod_participante">
  <font size="1" face="Verdana" color="#FFFFCC">
       <?php echo $registro["COD_PARTICIPANTE"]; ?>
   </font>
 </td>
</tr>
<!-- fin tabla resultados -->
 
function chequear(obj)
{
if (obj.checked==true)
{ 
alert("Check Activado del codigo "+ obj.value);
}
else
{
alert("Check Desactivado del codigo "+ obj.value);
}
}   
  Los id deberien ser unicos de la forma que lo tines si la tabla tiene mas de una fila se repetiran yo haria lo siguiente:   
 Código PHP:
   
<!-- tabla de resultados -->
<td>
  <input type="checkbox" id="chb<?php echo $registro["COD_PARTICIPANTE"]; ?>" name="chb<?php echo $registro["COD_PARTICIPANTE"]; ?>" value="<?php echo $registro["COD_PARTICIPANTE"]; ?>" onclick="chequear(this)" >
<td>
<td id="cod<?php echo $registro["COD_PARTICIPANTE"]; ?>">
  <font size="1" face="Verdana" color="#FFFFCC">
    <? echo $registro["COD_PARTICIPANTE"]; ?>
  </font>
</td>
</tr>
<!-- fin tabla resultados -->
 
function chequear(obj)
{
if (obj.checked==true)
{ 
alert("Check Activado del codigo "+ obj.value);
}
else
{
alert("Check Desactivado del codigo "+ obj.value);
}
}   
  de forma que cada id sera distinto ya que se formarà con el codigo de participante. 
Quim