Hola bhagat, gracias por responder. Supongo que al usar z-index con el div del flash usas posicionamiento absoluto no? o hay que usar z-index sin el posicionamiento absoluto?
Otra cosa curiosa es que en el ejemplo que has puesto, el menu funciona bien en FF excepto en la sección "vitrinas" de Flash, que pasa como en mi caso. Extraño verdad?
Si quieres echarle una ojeada al mío, te dejo el enlace aquí:
http://www.perfumes2008.com
intenta realizar una búsqueda aleatoria con dos o tres letras y verás como aparece el menú justo por debajo de la película Flash.
Puedes comprobar con el Firebug de FF o directamente mirando el código como uso posicionamiento absoluto en ambos elementos, y el modo transparente en param y embed