Código:
printf("Numero de elementos del vector: ");
scanf("%d",&iSize);
/*Asigna memoria*/
int *Vector=(int*)malloc(iSize * sizeof(int));
if(!Vector){
printf("No hay memoria\n");
exit(1);
}
for(i=0;i<iSize;i++){
printf("Vector[%d]: ",i);
scanf("%d",&Vector[i]);
}
Cambia esta parte y abre tu archivo en modo lectura, mediante un ciclo hasta el fin del archivo o sea EOF, almacenas los valores que estan en el archivo leyendolos linea por linea ya que cuando los almacenas utilizas este formato de separacion.