Tienes las tablas de dentro de las capas mal cerradas por lo que la segunda capa queda dentro de una tabla de la primera capa y por esto solo se ve cuando la primera capa es visible....
Final primera capa
Código:
</table>
</td>
</tr>
</table>
</div>
<div id="adver_elimi02" style="display:none;....
Final segunda capa
Código:
</table>
</td>
</tr>
</table>
</div>
En cuanto a las funciones
Código:
advertencia_risk(risk)
...
document.getElementById("adver_elimi").style.display='';<-no es necesario
...
document.getElementById("adver_elimi").style.display='block';
Si haces click en los dos botones consecutivamente las dos capas seran visibles una encima de la otra... dependiendo del parametro "z-index" una estara por encima de la otra, como lo tienes (las dos con el mismo z-index:3;) la segunda queda por encima de la primera....
Quim