Depende de cómo hayas puesto el flash. El flash siempre queda por encima del html a no ser que pongas el flash en una capa. Supongamos:
#capa_flash{
position:absolute;
top:0%;
z-index:1;
}
#capa_texto{
position:absolute;
top:0%;
z-index:3;
}
Luego pones los elementos entre divs:
<div id="capa_texto"></div>
...