Hace tiempo que no uso Fedora, así que no recuerdo exactamente cómo iba lo de los repositorios, pero la URL de los mismos se encuentra en algún archivo de configuración de tu sistema. Concretamente gFTP se encuentra
aquí, y si lo necesitas para 64 bits,
aquí.
En cuanto a los problemas que tienes con el uso de YUM, por lo visto ya está en ejecución, y no puedes ejecutarlo dos veces de manera simultánea. Asegúrate de terminar todos los procesos de YUM, y luego vuelve a intentarlo.
En cuanto a si YUM siempre viene con Fedora, la respuesta es sí. Estará ahí salvo que lo desinstales expresamente (cosa que no debes hacer).