PATH relativo

[radarcba]

Utilizas el mismo header para administracion y sitio ?
lo que podes hacer es en los dos index es inicializar una variable, por ejemplo,

Código:

$section= "admin";

para el index de administracion y

Código:

$section = "site";

para el sitio.
Entonces en el momento de cargar el estilo haces un if:

Código PHP:

  <?php
  if($section == "admin"){
?>
<link href="../css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
<?php
  }
  elseif($section == "site"){
?>
<link href="css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
<?php
  }
?>