Gracias a
SidP y a
Kurt66 por orientarme para solucionar este problema.
Hola a todos ayer por la noche pude solucionar el problema y aqui les dejo dos screens para que vean como tienen que tener el sh404 configurado.
Screen 1 Configuración sh404SEF --->Pestaña Main
Screen 2 Configuración sh404SEF --->Pestaña Avanced
Si pones estos dos puntos como aqui indican los screens no tendras más el
index.php antes de tus secciones y categorias.