Por motivos de seguridad una ventana no se puede cerrar mediante javascript si no ha sido abierta desde otro javascript o mediante un <a href="" target="_blank"...., lo que puedes hacer es crear la ventana haciendo:
Cita: <script>
ventana_secundaria = window.open("cerrar_window2.html","miventana","wid th=300,height=200,menubar=no")
</script>
Luego en el body..
<input type="button" value='Cerrar' onclick='ventana_secundaria.close()'>
Los br no te lo recomiendo para hacer bajar contenido, utiliza los div con la propiedad margin de css para posicionar todo en su sitio.
Lo de la capa azul no te lo puedo responder porque no has enseñado el código css de esa capa...
Un saludo!