generalmente los cgi no se ejecutan en la carpeta raiz sino en la cgi-bin
Además script debe ser algo así
Código:
#!/usr/bin/perl
print "content-type: text/html \n\n";
print "Hola Mundo";
exit;
La primera línea contiene la ubicación del intérprete de perl...La 2da imprime la cabecera HTTP para que la interprete el navegador