En las primeas versiones BETA del script había ese problema. Yo le daba al usuario la capacidad de poner el LIMIT a la consulta. De manera que, al volcar los resultados, primero tenía que extraer todos los registros y guardarlos en un array. Luego trabajar la paghinación en base a ese array. El cambio más notable al pasar a una versión estable v1.0 fue quitar esa opción.
Tú defines la consulta sin los límites LIMIT. Esta consulta original sólo se usa para realizar el conteo total de los datos existentes en la tabla. Luego, en base a los parámetros que defines, como número de página y elementos por página, se agrega automáticamente el parámetro LIMIT a la consulta, y ahora sí se retornan los resultados, pero sólo se le pide al servidor MySQL los que se van a mostrar en la página, osea, si tienes 100.000 registros, y estás en la página 200 digamos, sólo pides los resultados que se van a mostrar en esa página. Es la forma en la que todos los paginadores que hay actualmente funcionan, y en cierta forma no tiene mucho que ver la cantidad total de registros. El parámetro LIMIT está, pero el script se encarga de ponerlo.
Un saludo,
