Otra ventaja que veo yo por ejemplo es un sitio que contenga una tienda virtual, por ejemplo una web de flores y colocaria en un subdominio la tienda,
http://www.flores.com http://www.tienda.flores.com
donde dentro del subdominio sera mas facil y organizado tener la tienda !!!
y a mi por lo menos google me indexa bien los subdominios !!!
Saludos !!