Bien, para hacerlo tienes que tener un conocimiento mínimo de php, si no lo tienes no creo que tardes mucho tiempo en aprenderlo, solo busca buenos manuales de php, no me pidas que te de una dirección de ellos porque todos los que tengo los he descargado de una web de las cuales no tengo el link guardado. Bien, las funciones pues son funciones de directorio y de archivos. Por ejemplo: scandir (no funciona en todas las versiones de php), readdir, etc.
Simplemente aprender lo mínimo de PHP y luego sáltate de frente a la parte de carpetas y archivos, solo tienes que buscar: "php funciones de archivos" y "php fuinciones de directorio".
Te voy a dar un link donde hay algo que te puede ayudar mucho, pero solo trata de usarlo cuando sepas lo mínimo de PHP, sino lo haces así vas a tener muchos problemas en comprenderlo y aplicarlo.
http://www.cristalab.com/tips/32436/...rpetas-con-php
Espero que te haya ayudado, suerte!