Prueba con agregando un RewriteCond que compare el dominio antes de hacer el RewriteRule:
Código:
#supongase sitio1
Options FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^sitio1.com
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^([^/]+)/([^/]+)/([^/]+)/([^/]+)/([^/]+)/([^/]+)/$ index.php?a=$1&b=$2&c=$3&d=$4&e=$5&f=$6& [L,NC]
#supongase sitio2
Options FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^sitio2.com
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^([^/]+)/([^/]+)/$ index.php?a=$1&b=$2& [L,NC]