Puedes buscar en Google por el patrón Registry, es básicamente una clase que se encarga de llevar un registro.
En tu Delete tienes:
Código:
DELETE FROM usuariosenlinea WHERE tiempo < $tiempo_actual - $tiempo_limite
Eso lo puedes calcular directo desde PHP:
Código PHP:
$aborrar = $tiempo_actual - $tiempo_limite;
$mysql->query("DELETE FROM usuariosenlinea WHERE tiempo < $aborrar");
Saludos.