Hola, no se si sea tu caso, pero a mi me sucedió una vez algo parecido, debido a que instale un juego que tenía una protección llamada "starforce".
En su momento hubo mucha polémica porque se dijo que esta protección modificaba archivos importantes en tu pc, sin tu permiso y sin informarte, causando daños como los que tu mencionas, llegando a dañar totalmente la unidad de CD en algunos casos.
Finalmente me vi obligado a formatear mi pc y no volvi a experimentar más problemas, obviamente tampoco instale más juegos que tuvieran el dichoso starforce.
Saludos
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