Yo diría que algo así te valdría pero estoy un poco desentrenado:
Código PHP:
<?
$Conexion= mysql_connect ('localhost', 'pdu2207', 'sabrosos');
$database = 'pdu2207_2';
$numero=5;
mysql_select_db($database, $Conexion);
$res = mysql_query("SELECT * FROM pregunta WHERE idmodulo='1' ORDER BY RAND() LIMIT 0,$numero");
while ($array = mysql_fetch_assoc($res))
{
echo $array['pregunta'];
echo $array['idpregunta'];
$resultado = mysql_query("SELECT * FROM respuestas WHERE idpregunta='".$array['idpregunta']."' ");
while ($linea = mysql_fetch_assoc($resultado))
{
echo "".$linea["respuesta"]."<input type=checkbox name=".$linea["idrespuesta"]." id=checkbox /><br>";
}
}
Salu2 ;)