La consulta en general está correctamente escrita, pero estás olvidando que la contrabarra (\) es en caracter de escape dentro de un string, por lo que no está siendo interpretada correctamente.
el string que realmente está recibiendo es:
"D:Mis Documentosontologiaspersona.owl"
Prueba:
Código:
SELECT COUNT((*)
FROM jena_graph
WHERE Name='D:\\Mis Documentos\\ontologias\\persona.owl';