Hola si mira.... por ejemplo yo tengo un sitio y está definido en el IIS, y ahí le puedo poner si quiero que tenga seguridad de windows y también si quiero proteger toda un a carpeta o solo un archivo, de esta manera cuando trato de entrar o tener acceso a algunos archivos (los que tu definas) te sale una ventana de windows que te pide un username y un password mismos que defines en el windows...
Saludos!