Te voy a dar un ejemplo sacado de un codigo propio. Suponte que tienes el array palabras[] y que este contiene elementos vacios:
Código PHP:
$total = count($palabras);
for($i=0; $i < $total ; ++$i){
if ( strlen($palabras[$i])==0 ){
array_splice ($palabras,$i,1); // elimino elemento del array
}
}
array_splice() borra un elemento del array y lo achica