No depende del lenguaje de programación si no del entorno de desarrollo que uses, en Eclipse (gran herramienta por cierto) tienes F5 y F6 una solo sigue el codigo principal y la otra entra en el codigo de las funciones que llame el codigo principal, todo en vista debug.
Tendrias que mirar el maual de jdeveloper.
jdeveloper:Debugging Java Programs
Quim