Si tus variables son arreglos tendras que ir moviendote en ellos como:
Código PHP:
foreach($_POST['CodPregunta'] as $pregunta){
foreach($_POST['CmbCalifica'] as $califica){
foreach($_POST['numero1'] as $numero){
$updateSQL = sprintf("UPDATE generar SET Calificacion=%s WHERE Num_Auditoria=%s AND numpregunta=%s",
GetSQLValueString($califica, "int"),
GetSQLValueString($numero, "int"),
GetSQLValueString($pregunta, "int"));
mysql_select_db($database_Audito, $Audito);
$Result1 = mysql_query($updateSQL, $Audito) or die(mysql_error());
}
}
}
Suerte!