Puedes probar con esto:
Código PHP:
$filename = "/path/a/tu/archivo.exe";
$download = "archivo.exe";
if( !file_exists( $filename ) ) {
header( "Status: 404" );
die( "No se encontro el fichero" );
}
header("Last-Modified: " . gmdate("D, d M Y H:i:s T", filemtime($filename)));
header("Accept-Ranges: bytes");
header("Content-Length: " . filesize($filename));
header("Content-Disposition: attachment; filename=" . $download);
readfile($filename);
También te invito a que leas las FAQs del foro.
Saludos.