Es sencillo. Tienes que ir al Panel de Dominios, luego entras a los detalles de tu dominio y buscas este cuadro en parte de abajo:
http://aroche.net/shared/imgs/screen...addy-hosts.png
Clic en "Add" y agregas NS1 hacia la IP que necesitas y lo mismo para NS2. Por ultimo cambias los NameServers de ese mismo dominio hacia ns1.esedominio.com y ns2.esedominio.com.