Si se puede, un ejemplo aqui:
Código HTML:
<script type="text/javascript">
var win=window.open('tupagina.xxx','nombre_ventana');
function cambiar(){
win.moveTo(0,0) ;
win.resizeTo(800,800);
}
</script>
<input type="button" value="cambiar" onclick="cambiar()" />
moveTo-->Cambia la posicion de la ventana {left=0, top=0; en el ejemplo}
resizeTo-->Cambia las dimensiones de la ventana {width=0, height=0; en el ejemplo}
Espero te sirva...